中医认为:乙型肝炎的病机是由于内蕴胎毒，外感时邪，病毒从口而入或注射，输液、输血等交叉感染，蕴藏体内，蓄积肝脏，郁久成瘀，化热、化燥，复受七情、六淫、饮食、劳倦而诱发本病。其发病有三种情况：一是有感而即发的，这是由于邪气独盛，正气虚弱之故。二是有感染后多年，机体抗病能力降低后，触及诱因才发此病。三是正气内存，邪不可干，阴平阳秘的身体，虽然感染有乙肝病毒而终生不发病的健康带毒体。乙型肝炎的发生发展及其转归，与机体的免疫反应和病毒的持续感染有关，而免疫活性细胞来源于骨髓多能干细胞，中医认为"肾主骨生髓"，许多免疫功能低下的患者大多与肾虚有关。肾虚则体内核苷酸还原酶低下，从而抑制DNA合成。乙肝患者的体液免疫功能亢进而细胞免疫功能低下，正是机体免疫功能低下的主要原因之一。
     
    乙型肝炎在临床上无明显肝炎症状和体征，而HBV-M测定提示有病毒复制现象。中医认为其发病机理重点在湿热、瘀毒、正虚三个方面。关键病机是疫毒蕴结，可累及肝、胆、脾、胃、肾等脏腑。体虚不胜邪，郁毒蕴结肝胆而致疏泄不利，脾胃运化失司，升降紊乱，肝病日久及肾，耗损精气，终至肝肾皆亏。由于乙肝病毒只在化验时发现，常处在"无证可辨"的情况下而难以论治，因此，辨病就显得尤为重要，一旦确诊为乙肝，即可以扶正与抗毒为主的治疗。这叫做"辨病论治"。
    
    乙肝的治疗大法是先辨病后辨证，使治疗更具有系统连贯性。再在辨病与辨证的前提下结合病者的体质差异、根据不同的病理阶段，灵活运用扶正与抗毒，并紧密结合HBsAg与HBeAg内在联系的辨证法为基本点，形成多条灵活的用药法则，才能获得最佳疗效。如果只辨病不辨证，开出的处方针对性不强；如迁就病人仅凭化验单开药或长期服用各种中成药疗效甚微，这是不加辨证盲目用药的恶果。遵照"治病求本，谨守病机"的法则。乙肝是正虚邪实之证，以扶正与抗毒同时使用为主要治疗手段。大三阳重用解毒之剂；小三阳重用扶正之品。动态观察实践说明HBsAg与HBeAg阳性的关系是病邪未尽与正气未虚和病邪未祛与正气己伤的关系。依照具体病情制定主次先后用药之度，使处方用药显得辨病不失辨证，辨证不遗辩病，二者相合，恰到好处，才能收到事半功倍之效。